Nato a Calahorra, in Spagna, nel 1564, da Diego San Pedro e Anna Ustarroz, viene battezzato il 27 gennaio col nome di Juan. A 18 anni, ancora vivente la S. M. Teresa, passa dall'Università di Alcalá de Henares al Noviziato dei Carmelitani Scalzi di Pastrana, avviato pochi anni prima da S. Giovanni della Croce, col nome di Juan de Jesús María e il 23 gennaio 1583 emette la sua Professione. Nel 1585 viene inviato a Genova, nel recente Convento di S. Anna. Partecipa nel 1593 al Capitolo di Cremona, nel quale avviene la separazione degli Scalzi dai Calzati. Rientrato nel Convento di Genova, eretto in Noviziato, assume la cura dei Novizi, la quale sarà il maggiore impegno di tutta la sua esistenza. Chiamato a Roma, nel 1598 è il principale estensore delle Costituzioni della nascente Congregazione d'Italia. Di nuovo Maestro dei Novizi in S. Maria della Scala e incaricato per la formazione nell'Ordine, è consigliere di cardinali, di papi e di santi.

Nel 1611 viene eletto terzo Preposito Generale e il 28 maggio 1615, giorno dell'Ascensione, si spegne nel Convento di S. Silvestro a Montecompatri, presso Frascati. Là ancora oggi si venera il suo corpo incorotto.